Il Santuario della Beata Vergine "Noli me tollere" fu edificato sul luogo ove, secondo la tradizione,  venne ritrovato il simulacro. Esso prese il posto della piccola chiesa del XIII secolo e la sua costruzione durò per molti anni.

Si tratta di una chiesa seicentesca, tipicamente cappuccina. Nel tempo ha subito notevoli modifiche rispetto all'impianto originario; a navata unica voltata a botte, ed ha per ciascun lato tre cappelle intercomunicanti.

L'altare maggiore è in marmo, legno e stucco policromo, con al centro la nicchia contenente il simulacro della Vergine col Bambino. 

Ai lati dell'altare due aperture conducono al coro retrostante, a pianta rettangolare, con pavimento e sedili in legno di mogano;  grandi quadri di epoca sei-settecentesca a soggetto religioso, alcuni dei quali di un certo pregio, ornano le pareti. La volta della navata è divisa in tre campi da grandi archi a tutto sesto. Nel 1936, venne affrescata con episodi riguardanti la Vergine "Noli me tollere". 

Nel campo vicino all'altare maggiore venne raffigurata l'apparizione al muto, in quello vicino all'ingresso il Santuario costruito subito dopo l'apparizione e due Padri Cappuccini, infine, in quello centrale venne raffigurato il ritrovamento del simulacro sull'olivastro. 
Nell'arco trionfale campeggia la scritta a caratteri cubitali NOLI ME TOLLERE. Sulla parete destra, rispetto all'ingresso, è murata una pietra, ormai consumata dalle mani dei fedeli che nei secoli l'hanno toccata e baciata con devozione; è la terza parte della lastra di marmo che portava scolpite le parole "Noli me tollere". Di pregio sono gli altari lignei di tre delle sei cappelle laterali, opera di un "lego carpintero" (laico cappuccino falegname).

All'esterno il Santuario presenta una facciata a capanna con rivestimento marmoreo dicromo a bande orizzontali bianche e nere. Il portale ha ai lati due lesene scanalate con esili capitelli, l'architrave è sormontato da un arco a sesto acuto diviso in due archi ulteriori, sempre a sesto acuto, da due diaframmi scanalati.

Il 20 Dicembre 1997, un nuovo portone in bronzo ha sostituito il vecchio in legno.  è costituito da due battenti istoriati con bassorilievi, sormontati da una lunetta leggermente ogivale, anch'essa istoriata. 

LE PATRONESSE 

Il Comitato delle Patronesse del Santuario venne istituito nel 1964 su iniziativa di Padre Massimo da Pabillonis, Superiore del convento. Di esso possono far parte tutte le donne che lo desiderano, senza alcun limite. Presidente del comitato è il Superiore del convento. Le patronesse dette "zelatrici", curano il decoro del Santuario.